توفي محمد علي عوني في يوليو 1957 ، ودفن في سفح جبل المقطم في حديقة المغاوري البكتاشية التي تطل على مقبرة المتصوف الإسلامي « عمر بن الفارض » وفي السبعينيات أهدى أولاده مكتبته الشرقية بكتبها النادرة إلى عدد من أساتذة اللغات الشرقية بجامعة القاهرة وأهدوا بعض مخطوطاته ومنها القاموس العربي الكردي إلى المجمع العلمي الكردي في بغداد الذي ألغته الحكومة العراقية قبل نشر القاموس .